Northern blotting 试剂盒(含地高辛探针)
一、试剂盒组成:
(1) 地高辛标记的目的探针 25T
(2) 样品预处理液
(3) 甲醛变性电泳上样缓冲液
(4) 10XMOPS溶液、洗涤胶溶液、RNA水解液
(5) 转膜液
(6) 杂交液
(7) 洗涤液I、洗涤液II
(8) NBT/BCIP显色底物
(9) NBT/BCIP显色缓冲液
试剂盒:25T
保存:2-8℃
货号:R2550
二、核酸样本准备与电泳:
Northern blotting是检测单一基因RNA表达变化首选方法,核酸电泳是变性条件下进行以除RNA二级结构。本试剂盒主要通过甲醛变性。然后将RNA转移到带正电荷的尼龙膜,再与地高辛探针杂交。
三、探针的获得:
Northern探针可以用PCR标记,随机引物标记,T7/SP6转录特异性RNA标记,末端转移酶法,DIG寡核苷酸末端标记,缺口翻译进行DIG标记,cDNA合成,外显子生物均可提供上述地高辛探针标记(约2000元,至少满足20次)。使用探针浓度约10-15ng/ml,探针长度变大,导致使用量变大。本试剂盒提供的探针是客户定制的地高辛标记RNA探针。
四、结果显色说明:
可以采用碱性磷酸酶底物NBT和BCIP,抗-地高辛过氧化物酶与NBT/BCIP反应。用于X底片显色。也可以选择其他显色方法。
五、实验操作步骤:
(1)RNA电泳样品准备:为防止RNA降解,请在冰上操作,10-20ug(2-4ul)的RNA与样品预处理液1:8体积混合,加热85℃10分钟,加入2ul甲醛变性电泳上样缓冲液混合,冰上待用。
(2)配胶:1.5%的琼脂糖可以分离0.5kb-1.5kb左右片段。称量1.5g琼脂糖加80ml纯水,煮沸,冷却到55℃左右(不烫手),加入10ml 10XMOPS和20ml去离子甲醛溶液,室温放置1小时。
(3)在5V/cm电压下,预电泳5分钟,加入样品和RNA Marker,电泳需要至少4小时,每隔1小时更换1X MOPS电泳缓冲液一次。
(4)将琼脂糖胶放在保鲜膜内,紫外灯下计算作图并标记,评估分子量的位置。
(5)在室温下将凝胶浸入洗涤胶溶液中20分钟,轻轻摇动。用RNA水解液浸泡凝胶20分钟,立即转膜。
(5)转模:按照下图制作转膜系统,利用试剂盒提供的转膜液通过毛细管转移到膜上,从凝胶吸取RNA到尼龙膜过夜,以确保RNA有效转移。
转模图(略)
(6)转模后,使用 UV交联湿膜,无需清洗。UV交联后,用H2O短暂冲洗膜,然后使其风干。或在120°C下烘烤,30分钟。可以用亚甲蓝溶液鉴定RNA的丰度。
(7)预杂交和杂交:将印迹膜放在包含20 ml预杂交溶液的杂交袋中,密封袋子,预杂交温度下预杂交2小时。探针浓度:10–20ng/ml,DIG标记探针,双链DNA探针,在沸水浴中加热10分钟使DNA变性,在冰上冷却。单链RNA探针和寡核苷酸探针在稀释前不需变性。准备至少3.5 ml杂交溶液,以满足10x10 cm的印迹。用杂交溶液稀释探针。丢弃袋子内预杂交溶液,添加包含DIG标记探针的杂交溶液。42℃条件下均匀摇动杂交15-18小时。
(8)洗涤:在室温下,将膜在洗涤液I中洗涤两次,每次5分钟,除去未结合的探针。在洗涤液II中清洗膜两次,每次清洗15分钟。
(9)杂交后洗涤,将膜在洗涤液I中平衡1分钟。在封闭溶液中轻轻搅动薄膜30-60分钟,封闭薄膜。
(10)地高辛二抗孵育:稀释抗高辛抗体,将3 µl Anti-Digoxigenin-AP添加到30 ml封闭液中并混合。在抗体溶液中将膜孵育30分钟。弃抗体溶液,在洗涤液I中轻轻洗膜两次,每次洗涤15分钟。
(10)曝光检测信号:弃洗涤液,在NBT/BCIP缓冲液中平衡膜2分钟。配置NBT/BCIP显色液,常规方法显色,NBT/BCIP一般2分钟-12小时内。